Muzeum Ziemi Sejneńskiej od wielu lat współpracuje z muzeami na Litwie i Ukrainie. Z Muzeum Historycznym w Trokach, Muzeum Biskupa A. Baranauskasa w Onikszcie, Muzeum Historycznym w Łucku. Wkrótce nasze Muzeum rozpocznie współpracę z Grodzieńskim Państwowym Muzeum Historyczno-Archeologicznym na Białorusi.
.