Kościół pełni funkcję świątyni parafialnej, sanktuarium i kolegiaty. Nosi godność bazyliki mniejszej. Stanowi wschodnią część dawnego kompleksu klasztornego dominikanów. Ze względu na bogatą historię i wielokulturowość regionu jest prawdziwą atrakcją turystyczną północno-wschodniej Polski.
Historia powstania kościoła
Kościół Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny został zbudowany w latach 1610–1619 w stylu późnorenesansowym przez dominikanów, którzy zostali sprowadzeni do Sejn w 1602 z Wilna. Fundatorem sejneńskiego klasztoru był Jerzy Grodziński.
Świątynia została konsekrowana przez biskupa Jerzego Tyszkiewicza w 1632 pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny, św. Jerzego i św. Jacka. W późniejszym czasie do kościoła został dobudowany kompleks zabudowań klasztornych, które ukończono w 1706. W latach 1760–1779 dokonano przebudowy kościoła w stylu baroku wileńskiego. Fundatorką tego przedsięwzięcia była Róża z Platerów Strutyńska.
Podczas przebudowy świątyni zmieniono orientację kościoła. W miejscu poprzedniego prezbiterium zbudowano monumentalną, dwuwieżową fasadę oraz przedłużono wnętrze o dwa przęsła. W trakcie prac zlikwidowano przybudówki połączone z korpusem nawowym i prezbiterium. Rozebrana została dzwonnica stojąca po północnej stronie kościoła.
W 1804 klasztor dominikański w Sejnach został skasowany przez władze pruskie. Kościół podominikański został zamieniony na parafialny. W 1818 kościół poklasztorny został podniesiony do godności katedry diecezji augustowskiej, a zabudowania klasztorne przeznaczone na siedzibę biskupa, kurii i seminarium duchownego.
W latach 1807-1817 w salach klasztoru działało liceum, którego dyrektorem był ks. Wojciech Szweykowski (późniejszy rektor Uniwersytetu Warszawskiego). Uczelnie działające w klasztorze słynęły z wysokiego poziomu nauczania, a Sejny zdobyły miano „Oxfordu Północy”. W roku 1826 biskupem sejneńskim został Mikołaj Manugiewicz, który zdobył dotację rządową na uruchomienie i prowadzenie Seminarium Duchownego W 1826 roku w poklasztornych budynkach zostało otwarte nowe Seminarium Duchowne.Kształciło ono kleryków dla potrzeb całej nowej Diecezji Sejneńskiej (istniała 1818-1925), którą utworzył po zniesieniu Diecezji wigierskiej Papież Pius VII. Diecezja liczyła 12 dekanatów, od Wysokiego Mazowieckiego i Łomży na południu, po Kalwarię, Mariampol i Wiłkowyszki na północy. W parafiach na tym obszarze posługiwali duchowni kształceni w seminarium sejneńskim. Seminarium kształciło wielu przyszłych wybitnych litewskich duchownych, działaczy - przyszłą inteligencję odradzającego się narodu litewskiego.
Po utworzeniu Republiki Litewskiej i Rzeczypospolitej Polskiej w 1925 diecezja augustowska (sejneńska) została zniesiona i podzielona na dwie diecezje: wyłkowyską i łomżyńską. Siedziby biskupów przeniesiono do Łomży i Wyłkowyszek. Świątynia utraciła rangę katedralną i przez następne dziesięciolecia nie pełniła zaszczytnych funkcji, pozostając jedynie lokalnym ośrodkiem pielgrzymkowym oraz kościołem parafialnym.
W 1973 w związku z planami rozwoju sanktuarium maryjnego i koronacją figury Matki Boskiej Sejneńskiej kościół podominikański został podniesiony do godności bazyliki mniejszej. W 2005 świątynia została ustanowiona kolegiatą kapituły sejneńsko-wigierskiej.